Il est possible de concevoir l’identité d’une espèce naturelle dans les termes de son profil causal. Une telle conception correspond mieux à la science que deux autres options possibles. L’identité d’une espèce naturelle n’est pas déterminée par un rôle causal unique 1) parce qu’une espèce peut avoir plusieurs rôles causaux ainsi que plusieurs fonctions et 2) parce que certaines fonctions sont partagées par différentes espèces. Par ailleurs, en règle générale, la thèse microstructuraliste n’est pas correcte : l’identité de certaines espèces naturelles n’est pas déterminée par leur microstructure. Il est vrai que si les substances chimiques A et B ont la même composition microstructurelle, alors un échantillon de l’espèce de substance A appartient à la même espèce qu’un échantillon de la substance B. Cependant, l’implication inverse ne vaut pas. Le fait qu’un échantillon A appartienne à la même espèce que l’échantillon B ne garantit pas que A et B aient la même composition microstructurelle. En effet, certaines espèces naturelles macroscopiques peuvent être « constituées de manière multiple » ou « multiconstituées » par différentes structures microscopiques.